Hoằng Quang đế lên ngôi ở Nam Kinh (1644), cất nhắc Thanh làm Tả thiêm đô ngự sử, ông kiên trì không nhận. Quân Thanh phá Nam Kinh, các nơi nối nhau không đánh mà hàng. Thanh tập hợp quan dân giữ Tích Khê, Hoàng Sơn, chia binh chẹn Lục Lĩnh [2]; được bọn người Ninh Quốc là Khâu Tổ Đức, người Huy Châu là Ôn Hoàng, người Quý Trì là Ngô Ứng Cơ,... hưởng ứng. Thanh bèn sai sứ dâng biểu ủng hộ Long Vũ đế (1645), được thụ chức Hữu đô ngự sử kiêm Binh bộ hữu thị lang, Tổng đốc chư đạo quân. Quân đội của Thanh giành lại các huyện Tinh Đức, Ninh Quốc.

Hạ tuần tháng 9 ÂL cùng năm, ngự sử cũ người Huy Châu là Hoàng Chú hàng Thanh, dẫn lối cho quân Thanh lẻn qua phòng tuyến mà tập kích, khiến quân đội của Thanh thất bại, ông bị bắt sống. Thanh bị xử tử ở Giang Ninh, Long Vũ đế tặng ông chức Lễ bộ thượng thư, thụy Văn Nghị.